口袋妖怪火红中，打完红莲岛第七道馆后找正辉拿到三岛通行证，即可从枯叶市港口坐船前往一二三岛，按一岛→二岛→三岛顺序推进剧情可顺畅解开全岛航线。

前往一二三岛的核心前提是通关红莲岛道馆。玩家需先在红莲岛宝可梦宅邸找到秘密钥匙，解开道馆大门后挑战馆主夏伯，获胜后走出道馆即可遇到正辉。对话后正辉会邀请前往一岛，此时选择同意就能直接乘船出发；若暂时回绝，后续可在红莲岛宝可梦中心找到正辉从头触发邀请。抵达一岛后，正辉会带领前往宝可梦网络中心，和阿锦对话后获取三岛通行证，此凭证是往返三岛的决定因素，可在枯叶市港口的海烈焰马号渡轮上任意选择一二三岛目的地。

一岛是三岛之旅的起点，核心区域为灯火山和宝可梦网络中心。下船后先到网络中心完成剧情交接，随后可寻觅东北路线的热气之路，沿路训练家实力较强，提议提前准备高等级精灵和足量回复道具。灯火山内部藏有传说宝可梦火焰鸟，洞穴部分路段需用碎岩术开辟，可在岛上温泉处找老爷爷获取该秘传技能。寻觅完毕后返回一岛码头，和船员对话即可解开前往二岛的航线。

抵达二岛后，核心目标是触发寻找小女孩的剧情。岛屿规模较小，下船后给东走到蓝色屋顶的游戏厅，和屋内大叔对话后接下寻找女儿小迷的任务，随后可直接前往码头乘船前往三岛。二岛周边海域有不少稀有水系宝可梦，赶路时可顺带捕捉，为队伍补充战力；同时注意捡拾路边隐藏的道具，部分顶级球和复活道具对后续三岛寻觅至关重要。

三岛寻觅以解救小迷为主线，需先清理挡路的暴走团训练家。下船后沿北侧道路前进，会遇到多名暴走团成员拦路，需连续击败四场对战才能通行。继续前行抵达绊桥，过桥后进入树果森林，在森林左上角区域可找到迷路的小迷，对话后触发返回二岛的剧情。护送小迷回到二岛游戏厅完成任务后，返回一岛网络中心和正辉对话，即可完成三岛主线剧情，后续可凭通行证自在往返三岛，捕捉岛屿限量宝可梦或完成剩余支线内容。